You are here

README for "CASP_Commons & CASP14"

Obliczenia targetow CASP COMMONS na razie puszczamy korzystajac z narzedzi CASP13 (opis w dokumentach README, README.scripts, CASP13_protocol_v2.pdf
i CASP13_protocol_KG-vol2.pdf na stronie https://unres.pl/casp14).

Skrypty do tworzenia modeli CASP-COMMONS znajduja sie w /users2/CASP14/scripts.

Skrypty do konwersji uruchamiamy tak:

Monomery, grupa UNRES:

/users2/CASP14/CASP-COMMONS/scripts/allatom.csh Cxxxx_wham_last_TyyyK_ave.pdb REFINE
/users2/CASP14/CASP-COMMONS/scripts/models.csh Cxxxx yyy UNRES /users2/CASP14/CASP-COMMONS

gdzie xxxx jest identyfikatorem targetu a yyy temperatura klastrowania.

Trzeba pamietac, ze aby zadzialal skrypt models.csh w aktualnym katalogu musi byc plik z wzorcem formatu, ktory jest do pobrania dla kazdego targetu ze strony CASP-COMMONS (http://predictioncenter.org/caspcommons/index.cgi) i musi nazywac sie Cxxxx-template.txt

Monomery, grupa KIAS-Gdansk:

/users2/CASP14/CASP-COMMONS/scripts/allatom.csh Cxxxx_wham_last_TyyyK_ave.pdb REFINE
/users2/CASP14/CASP-COMMONS/scripts/models.csh Cxxxx yyy KG /users2/CASP14/CASP-COMMONS

Jezeli obliczenia byly wykonywane z wiezami z psipred to zamiast headera UNRES lepiej uzyc UNRES-sec, ktory zaiwera o tym informacje.

Oligomery:

W CASP-COMMONS na razie nie ma targetow oligomerycznych, pojawia sie niedlugo jako homo/heterooligomery obecnych targetow. Natomiast mozliwe, ze struktury
obecnych szczegolnie mniejszych targetow sa oligomeryczne. Sumitowac mozna tylko monomery wiec jezeli z obliczen dla homodimeru lub wiekszego homooligomeru
ktoregos z obecnych targetow wyjda fajne struktury to warto dolaczyc modele liczone w tym trybie. W tym przypadku do konwersji do all-atom uzywamy skrypt
/users2/CASP14/scripts/allatom_mult_D.sh. W drugim kroku uzywamy normalnie models.csh. Do modelu koncowego zostanie skopiowany tylko pierwszy lancuch
oligomeru wiec jezeli chodzilo o drugi to trzeba wyedytowac pliki stop.pdb pojawiajace sie w podkatalogach Cxxxx_wham_last_TyyyK. Skrypt models.csh
mozna wtedy wywolac z argumentem UNRES-dimer lub UNRES-sec-dimer (dla grupy UNRES).

Uwaga! Pliki z modelami mozna submitowac bez edyycji tylko wtedy gdy modele odpowiadajace danej grupie sa z jednego trybu obliczen (np. UNRES bez wiezow
czy UNRES z wiezami na strukture drugorzedowa). Jezeli bierzemy modele z roznych trybow obliczen to trzeba recznie przenumerowac w pliku model oraz zmienic
nazwe pliku w stylu Cxxxx_modely.pdb, y jest numerem modelu.

Bardzo rowniez wszystkich prosze o deponowanie modeli w katalogach
/users2/CASP14/CASP-COMMONS/PREDICTIONS/UNRES/Cxxxx lub
/users2/CASP14/CASP-COMMONS/PREDICTIONS/KG/Cxxxx
odpowiednio dla grup UNRES i KIAS-Gdansk. Katalogi UNRES i KG sa dostepne do pisania. W kazdym przypadku prosze umieszczac plik README z krotka informacja o lokalizacji plikow do obliczen i obrobki danych oraz pochodzenia modeli. Wzor jest w /users2/CASP14/CASP-COMMONS/PREDICTIONS/UNRES/C1907/README.